Jest to jeden z bardziej skomplikowanych zabiegów, którym zajmuje się chirurg stomatologiczny. Wykonuje się go, gdy korzenie zębowe zostają zarażone, a inne drogi leczenia nie działają. Lekarz musi szczegółowo przebadać w jakim stanie są korzenie i wtedy może stwierdzić potrzebę ich usunięcia. W ten sposób powstrzymuje się postęp choroby. Innym powodem usunięcia jest też korzeń, który nie wystaje powyżej poziomu kości. Nie powinien jednak wystawać bardziej, niż na jeden minimetr.
Przed zabiegiem stosuje się znieczulenie miejscowe. Jest to potrzebne, ponieważ aby dostać się do korzenia, chirurg stomatologiczny nacina dziąsło, aby je otworzyć. Czasami korzenie są ze sobą połączone, wtedy konieczne jest użycie piły aby je rozdzielić. Bywa tez tak, że konieczne jest przycięcie zęba. Wszystko uwarunkowane stopniem postępu choroby i scalenia korzeni i utrudnionego lub ułatwionego do nich dostępu. W szczególnych wypadkach zabieg ten odbywa się pod narkozą, lecz dochodzi do tego tylko we właściwie wyposażonych klinikach i wyjątkowych sytuacjach. Po zabiegu przez najbliższe dwie godziny trzeba wstrzymać się od jedzenia i aplikować zimne okłady. Rana narażona jest wtedy na wszelkiego rodzaju zakażenia , dlatego pacjent, w razie konieczności, otrzymuje przypisane antybiotyki i leki przeciwbólowe.